มหาปัญญาวิทยาลัยก่อตั้งขึ้นโดยความเห็นชอบของคณะสง ฆ์เถรวาทและคณะสงฆ์อนัมนิกายแห่งประเทศไทยภายใต้ ความอนุเคราะห์ของพระเดชพระคุณเจ้าประคุณสมเด็จพ ระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) เป็นองค์ประธานอุปถัมภ์ฝ่ายสงฆ์ ผู้ริเริ่มก่อตั้งคือพระมหาคณานัมธรรมปัญญาธิวัตรเจ้าคณ ะใหญ่อนัมนิกาย คณะสงฆ์อนัมนิกายเป็นคณะสงฆ์ที่เดินทางจากประเทศเวี ยดนานเข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารในประเทศไทยตั้งแ ต่สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 5 พระองค์ได้พระราชทาน กฏระเบียบการปกครองให้คณะสงฆ์อนัมนิกาย มีทำเนียบสมณศักดิ์อยู่ภายใต้บังคับบัญชาของสมเด็จพระสั งฆราชสกลปรินายกของไทย และมีระเบียบปฏิบัติตามพระราชบัญญัติและกฏกระทรวงข องประเทศไทย

เน้นพัฒนาการศึกษา

การศึกษาเป็นเรื่องที่พระมหาคณานัมธรรมปัญญาธิวัตร เจ้าคณะใหญ่อนัมนิกายรูปปุจจับันตระหนักดีว่าเป็นเรื่องส ำคัญอย่างยิ่ง ตลอดชีวิตของท่านได้ทุ่มเทให้กับการศึกษา เริ่มตั้งแต่ก่อตั้งโรงเรียนกุศลสมาครวิทยาลัย เมื่อ 2532 ซึ่งเป็นโรงเรียนปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา จัดการศึกษาตั้งแต่ ม.1 – ม.6 ณ วัดกุศลสมาครกรุงเทพมหานคร ได้สร้างอาคารเรียน 7 ชั้น งบประมาณ 30 ล้านบาท และตั้งกองทุนการศึกษาให้กับพระภิกษุสามเณรเป็นจำน วนเงิน 15 ล้านบาท ท่านมีความตั้งใจที่จะปูพื้นฐานในด้านการศึกษาให้แก่พระ พุทธศาสนาโดยไม่แบ่งแยกนิกาย ท่านปรารภว่า “ก่อนมรณะ ภาพขอให้ได้เห็นมหาวิทยาลับสงฆ์ที่ตั้งใจก่อตั้งมาเป็นเวล านานกว่า 40 ปี” ในชั้นแรกได้นำเรื่องนี้หารือในคณะสงฆ์อนัมนิกาย และได้มีมติเห็นชอบจัดสร้างในพื้นที่ของวัดอนัมนิกายารา มบางโพ กรุงเทพมหานคร ในพื้นที่ 5 ไร่ ติดแม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งการคมนาคมสะดวกทั้งทางน้ำและทางบก อย่างไรก็ตาม ปรากฏว่าไม่ได้รับความร่วมมือจากเจ้าอาวาสเพราะเจ้าอา วาสยืดระยะเวลาทำสัญญาเช่าจาก 1 ปี เป็น 3 ปี แล้บอกให้รอหมดสัญญา

จุดเริ่มต้นของมหาปัญญาวิทยาลัย

ด้วยความตั้งใจอันมุ่งมั่นของเจ้าคณะใหญ่อนัมนิกาย จึงได้นำเรื่องการก่อตั้งมหาวิทยาลัยกราบเรียนปรึกษากับ พระเดชพระคุณ เจ้าประคุณสมเด็จพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) พร้อมด้วยตัวแทนจากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิท ยาลัยและตัวแทนจากคณะสงฆ์อนัมนิกาย โดยมีเจ้าประคุณสมเด็จพุฒาจารย์เป็นประธาน ประชุมกัน ณ วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร เมื่อวันที่ 5 มีนาคม 2545 ที่ประชุมที่ประกอบด้วยคณะสงฆ์เถรวาทและคณะสงฆ์มห ายาน มีมติเห็นชอบในการจัดตั้งมหาวิทยาลัย และได้รับการสถาปนานามว่า “มหาปัญญาวิทยาลัย” โดยจัดตั้งในที่ธรณีสงฆ์วัดถาวรวราราม หาดใหญ่ จังหวัดสงขลา เจ้าคณะใหญ่อนัมนิกายได้มอบหมายให้องพจนกรโกศล (บุญส่ง) เลขานุการเจ้าคณะใหญ่อนัมนิกาย เจ้าอาวาสวัดถารวราราม หาดใหญ่ เป็นผู้ดำเนินการจัดตั้ง โดยประสานงานกับคณะงฆ์ในสิงคโปร์ จีน ไต้หวัน และเวียดนาน จัดตั้งขึ้นตามหลักเกณฑ์และขั้นตอนการดำเนินงาน ที่มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยกำหนดให้ใช้กั บสถาบันสมทบ อยู่ภายใต้การควบคุมดูแลและสนับสนุนของคณะสงฆ์อนัม นิกาย